Семена (вернее, плоды) представляют собой очень мелкие орешки, округлой формы, светло-коричневые. В 1 г содержится 3,5-5 тыс. штук семян. Всхожесть семян высокая - до 80 -%. Годность их сохраняется 7-8 лет. Расход семян для выращивания рассады на 1 м2 площади посадки составляет 0,01-0,03 г. Семена при посеве на рассаду можно не заделывать почвой, а лишь аккуратно прижать к ней и проследить за ее влажностью.
При посеве сухими семенами всходы появляются через 8-10 дней. Минимальная температура для их прорастания 10-12 °С. Майоран чувствителен даже к небольшим заморозкам, при температуре 0 "С всходы могут полностью погибнуть. Семена отличаются сильным специфическим приятным ароматом.
